Gồm có 5, 6 hoặc 7 tiểu loại tùy theo cách phân loại trước đây, phụ thuộc cơ quan vận chuyển và loại nhân tế bào, tuy nhiên những phân loại này không thể hiện mối quan hệ thực sự giữa chúng theo quan điểm hiện nay:

• Sarcomastigophora (gồm các loài thuộc hai lớp Sarcodina tức Amoeboid - trùng chân giả và Mastigophora tức Flagellate - trùng roi, kết hợp lại) bao gồm các sinh vật có cơ quan vận chuyển là chiên mao và giả túc hoặc một trong hai loại đó và có một loại nhân đơn giản

• Large, amoeboid trophozoites of P. vivax in a thin blood smear
• Foraminiferan (Ammonia tepida)
• "Flagellata" từ Ernst Haeckel's Artforms of Nature, 1904
• Parasitic excavate (Giardia lamblia)
• Green alga (Chlamydomonas)

• Labyrinthomorpha
• Apicomplexa

• Microspora

• Fibrillanosema Microspora

• Acetospora
• Myxozoa

5 loại trên bao gồm các bào tử trùng sống ký sinh ở các cơ thể động vật khác (trước đây các ngành này được xếp chung cùng một lớp Sporozoa)

• Ciliophora: có cơ quan vận chuyển là tiêm mao và có hai loại nhân khác nhau - nhân dinh dưỡng và nhân sinh dục (trước đây được xếp vào lớp Ciliata).